左肾小囊肿形成的原因目前尚不十分明确，可能与以下几方面因素有关。首先是先天性发育异常，胚胎时期肾脏发育过程中，肾小管的发育出现异常，就有可能形成小囊肿，这种情况在一些人出生时就可能存在潜在的发育基础，但不一定会马上表现出来。
遗传因素相关
部分遗传综合征： 某些遗传性疾病可能与左肾小囊肿的形成有关。比如，多囊肾是一种常见的遗传性肾病，其中常染色体显性多囊肾具有一定的遗传倾向，患者肾脏会出现多个囊肿，包括左肾小囊肿的情况。这种疾病往往有家族遗传史，基因的突变导致肾脏结构和功能发生异常改变，使得肾小管等结构出现囊性变。
年龄与身体退变因素
随着年龄增长： 随着年龄的增加，肾脏组织也会发生一定程度的退变。老年人肾脏的肾小管等结构可能会出现一些微小的变化，细胞的代谢功能、修复功能等有所下降，容易出现肾小管的局部扩张形成小囊肿。一般来说，30岁以后，这种肾脏组织退变的可能性会逐渐增加，左肾小囊肿的发生率也会相对有所上升。
肾脏感染与损伤因素
肾脏感染影响： 肾脏曾经有过感染性疾病，比如肾盂肾炎等。在感染发生的过程中，炎症可能会对肾脏的肾小管、肾小球等结构造成一定的损伤，导致肾小管出现梗阻等情况，进而引发局部囊性扩张形成小囊肿。例如，急性肾盂肾炎如果没有得到彻底有效的治疗，可能会转为慢性，长期的炎症刺激就可能影响肾脏的正常结构，增加左肾小囊肿形成的风险。肾脏局部损伤： 肾脏受到过外伤等局部损伤，也可能影响肾脏组织的正常结构和功能。外伤导致肾脏组织出现一些微小的病变，使得肾小管等结构的正常形态和功能受到干扰，从而有可能形成小囊肿。比如腰部受到撞击等外伤后，肾脏局部可能出现一些病理改变，为左肾小囊肿的形成创造条件。