左肾小囊肿的形成原因目前尚不十分明确，可能与多种因素有关。一般认为，肾小管憩室是左肾小囊肿较常见的成因，随着年龄增长，肾小管憩室会逐渐增多，从而增加左肾小囊肿的发生几率，据统计，50岁以上人群中，超过半数可能存在肾囊肿。
遗传因素相关
先天发育异常遗传倾向： 部分左肾小囊肿具有一定的遗传倾向，比如常染色体显性多囊肾病，它是一种常见的遗传性肾病，患者体内存在特定的基因突变，会导致肾脏出现多个囊肿，其中就包括左肾小囊肿。这种疾病通常在成年后逐渐表现出来，有家族遗传史的人群需要定期进行肾脏检查，以便早期发现左肾小囊肿等病变。遗传基因作用机制： 相关基因的突变会影响肾脏肾小管和集合管的结构与功能，使得肾小管局部扩张形成囊肿，若累及左肾就会引发左肾小囊肿。
肾脏损伤相关
外伤导致局部损伤： 肾脏受到外力撞击等外伤时，可能会引起肾脏局部组织的损伤，在修复过程中可能会出现肾小管的阻塞，导致尿液潴留，进而形成囊肿，其中就可能包括左肾小囊肿。比如腰部受到严重撞击的人群，相对来说左肾小囊肿的发生风险可能会有所增加。感染引发炎症影响： 肾脏感染某些病原体后，引发炎症反应，炎症会影响肾脏组织的正常代谢和结构，也可能导致肾小管异常，使得左肾出现小囊肿。例如肾盂肾炎反复发作的患者，肾脏长期处于炎症状态，对肾脏结构的破坏可能会增加左肾小囊肿的发生概率。
代谢异常相关
钙磷代谢异常影响： 体内钙磷代谢出现异常时，可能会影响肾脏组织的微环境。比如钙磷沉积在肾脏组织中，可能会干扰肾小管的正常功能，导致肾小管局部结构改变，逐渐形成小囊肿，累及左肾时就会出现左肾小囊肿。一些患有甲状旁腺功能亢进等疾病导致钙磷代谢紊乱的患者，左肾小囊肿的发生风险可能会升高。其他代谢物质影响： 还有一些代谢相关的因素，比如尿酸代谢异常等，异常的代谢物质在肾脏组织中的沉积等情况，也可能对肾脏结构产生影响，进而与左肾小囊肿的形成有一定关联，但具体机制还在进一步研究中。