卵巢囊肿的药物治疗需根据囊肿性质等情况而定，一般没有单一的“最有效”固定药物。对于生理性卵巢囊肿，通常无需特殊用药，多可自行消失。而对于一些病理性卵巢囊肿，可能会用到避孕药等药物。比如短效口服避孕药，可调节激素水平，对部分卵巢囊肿有一定控制作用，但也不是对所有卵巢囊肿都绝对有效。
生理性卵巢囊肿的情况
无特殊药物干预：大多数生理性卵巢囊肿是由于排卵等生理因素引起，一般直径小于5厘米，通常不需要吃药，定期复查即可，一般观察2 - 3个月经周期后多数可自行消退。
部分病理性卵巢囊肿的药物情况
避孕药的作用：像复方短效口服避孕药，它可以通过调节体内雌激素和孕激素水平来影响卵巢的内分泌功能，对于一些因激素失衡导致的卵巢囊肿可能有一定的控制作用。不过它也不是对所有病理性卵巢囊肿都适用，而且使用时需要在医生指导下进行，因为它有一定的禁忌证，比如有严重肝脏疾病、高血压、心脏病等情况的女性可能不适合使用。其他药物：对于一些炎症性引起的卵巢囊肿，可能会用到抗生素类药物来抗炎治疗，但这也只是针对炎症相关的辅助治疗，单纯靠药物消除囊肿不一定能完全实现，往往需要结合其他治疗手段。比如盆腔炎性包块导致的卵巢囊肿，可能会根据感染病原体的情况选用合适的抗生素，如头孢类抗生素等，但药物治疗只是其中一个方面，还可能需要结合物理治疗等。
特殊人群用药注意
育龄女性：如果是育龄期有生育计划的女性患有卵巢囊肿需要用药时，要格外谨慎考虑药物对生殖功能的影响，比如避孕药的使用可能会对受孕产生一定影响，需要医生综合评估利弊后再选择合适的治疗方案。绝经后女性：绝经后女性出现卵巢囊肿，用药需更加慎重，因为绝经后卵巢囊肿有恶变的相对风险更高一些，一般不会首先选择药物保守治疗为主，更多会考虑手术等其他治疗方式来明确囊肿性质并进行处理。