男性支原体感染后，表现因感染部位不同而有差异。例如，非淋菌性尿道炎是男性常见的支原体感染情况，潜伏期一般为1~3周。
泌尿生殖系统表现
尿道不适：感染后可能出现尿道刺痛，有些患者还会感觉尿道瘙痒。部分人会有尿道分泌物，初期分泌物较稀薄，量少，后期可能变得黏稠。排尿异常：会出现尿频、尿急的情况，排尿时尿道有灼热感，严重时可能影响正常排尿。
呼吸系统表现
咽炎：少数男性支原体感染可能累及咽部，出现咽部不适、咽干、咽痒等症状，有时可能伴有轻微咽痛。气管炎、肺炎：如果支原体感染向下蔓延至下呼吸道，可能引发气管炎、肺炎。患者会有咳嗽症状，初期多为干咳，之后可能有少量痰液。病情严重时咳嗽较为剧烈，可能影响睡眠和日常生活，还可能伴有发热，体温一般在37~38℃左右，部分人会有高热情况。
其他表现
附睾炎：部分男性支原体感染可能引起附睾炎，表现为阴囊部位疼痛、肿胀，疼痛可放射至下腹部和腹股沟区域，触摸附睾时会有明显压痛。直肠炎：极少数男性支原体感染可能累及直肠，出现直肠不适，如直肠坠胀感，排便时可能有轻微疼痛等表现。