排卵期肚子两侧疼可能由生理性原因、附件炎、泌尿系统感染等所致，需进一步检查以明确病情并正确治疗。
一、生理性原因：排卵期时，女性排卵后卵泡逐渐发育成熟，过程中卵泡会增大，还可能出现卵包膜、卵巢包膜溶解破裂等情况，从而引发腹部疼痛，这种疼痛通常在两三天左右逐渐消失，无需特殊治疗。
二、附件炎：当卵巢、输卵管等部位出现炎症，可能导致输卵管粘连或堵塞，进而引发附件炎。可在医生指导下通过以下方式治疗。
1.热敷：能一定程度缓解症状。
2.红外线照射：有助于改善病情。
3.药物治疗，如阿莫西林胶囊：可以减轻腹部疼痛。
三、泌尿系统感染：细菌感染后，可能使小腹部两侧出现疼痛，同时患者会伴有尿痛、尿急、尿频等症状。要及时在医生指导下用以下药物治疗。
1.左氧氟沙星片。
2.甲硝唑片。
3.阿莫西林胶囊。
此外，也可能是卵泡液刺激腹部引起疼痛，需到妇科医院进一步检查。
总之，排卵期肚子两侧疼的原因多样，要根据具体情况明确诊断并采取合适的治疗措施。