排卵期肚子两侧疼的原因包括生理性原因、附件炎、泌尿系统感染等，需进一步检查以明确病情并进行正确治疗。
一、生理性原因：排卵期时，女性排卵后卵泡发育逐渐成熟，其过程中卵泡不断增大，还可能导致卵包膜、卵巢包膜溶解破裂等情况，从而引发腹部疼痛，这种疼痛通常在两天到三天左右会逐渐消失，一般无需特殊治疗。
二、附件炎：当卵巢、输卵管等部位出现炎症时，可能造成输卵管粘连或堵塞，进而引发附件炎。治疗上可在医生指导下采取热敷、红外线照射等措施，同时配合使用阿莫西林胶囊等药物，能缓解腹部疼痛。
三、泌尿系统感染：细菌感染后可能使小腹部两侧产生疼痛感，还会伴有尿痛、尿急、尿频等症状。此时需及时在医生指导下使用左氧氟沙星片、甲硝唑片、阿莫西林胶囊等药物进行治疗。
此外，也可能是由于卵泡液刺激腹部导致疼痛，需前往妇科医院做进一步检查。
总之，排卵期肚子两侧疼的原因多样，要明确具体原因并采取合适的治疗方法。