阴茎上面皮肤长小水泡通常由以下原因导致：
一、阴囊湿疹：阴茎上面的皮肤出现小水泡可能是阴囊湿疹引起。这主要是因为患者局部接触到过敏原，进而引发局部皮肤过敏。对此，一般建议患者可在医生指导下使用如莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等药物来进行治疗。莫匹罗星软膏对多种细菌有抑制作用，能减轻炎症反应；夫西地酸乳膏可有效对抗细菌感染，缓解相关症状。
二、生殖器疱疹：上述症状也可能是患者感染带状疱疹病毒造成的。这时会使其局部出现小水泡，并伴随有瘙痒、破溃、出血等不良状况。通常建议患者在医生指导下应用泛昔洛韦、阿昔洛韦等抗病毒药物进行医治。泛昔洛韦能有效抑制病毒复制，减轻症状；阿昔洛韦对带状疱疹病毒有较好的抗病毒效果。
三、包皮龟头炎：这种症状还可能源于患者患有包皮龟头炎。患者患上包皮龟头炎后，主要表现为包皮红肿、灼痛，严重时就会出现这种不良情况，并且可能有脓性分泌物从包皮口流出。一般建议患者可在医生指导下使用庆大霉素、卡那霉素等药物进行处理。庆大霉素有较强的抗菌作用，能帮助控制感染；卡那霉素可对多种病菌发挥作用，改善病情。
总之，当阴茎上面皮肤出现小水泡时，应及时就医，明确病因后进行针对性治疗。