阴茎上面皮肤长小水泡可能是生殖器疱疹、包皮龟头炎、珍珠状阴茎丘疹等原因引起的。
1.生殖器疱疹：是由单纯疱疹病毒（HSV）感染泌尿生殖器及肛周皮肤黏膜而引起的一种慢性、复发性、难治愈的性传播疾病。生殖器疱疹的水疱多发生在皮肤和黏膜的交界处，先是局部皮肤有烧灼感，继而出现红斑，在红斑基础上发生簇集性小水疱，疱液清，数日后水疱可吸收结痂。
2.包皮龟头炎：可由各种病原体感染、局部刺激等因素引起。包皮龟头炎可出现阴茎头及包皮红肿、疼痛、有烧灼感，排尿时加重，可有脓性分泌物自包皮口流出。如果将包皮翻转，可见包皮内板和阴茎头充血、肿胀、重者可有浅小溃疡或糜烂，有脓性分泌物流出。
3.珍珠状阴茎丘疹：是发生在阴茎冠状边缘的一种良性肿瘤，病因尚不清楚，可能与包皮过长、局部刺激等因素有关。丘疹多互不融合，对健康无影响，可部分或完全环绕龟头，也可累及整个阴茎。