肌肉酸痛的原因有多种。一般来说，运动过量是常见原因之一，比如平时很少运动的人突然进行大量运动，像跑步超过1小时，就可能导致肌肉产生乳酸堆积，从而引起酸痛。
运动相关因素
剧烈运动后： 当进行高强度、长时间的运动时，肌肉会进行无氧呼吸，产生乳酸。比如连续跳绳20分钟以上，肌肉内乳酸堆积就会引发酸痛，这种情况通常会在运动后1 - 2天内比较明显。运动姿势不当： 如果运动时姿势不正确，例如举重时姿势错误，会使某些肌肉过度受力，也容易导致肌肉酸痛。比如错误的卧推姿势可能会让胸肌和肩部肌肉受力不均，引发酸痛。
疾病因素
感染性疾病： 像流感等病毒感染性疾病，患者除了有发热、咳嗽等症状外，也可能出现全身肌肉酸痛的情况，这是因为病毒感染引发了身体的免疫反应，影响了肌肉代谢。风湿性疾病： 类风湿关节炎患者会出现关节及周围肌肉的酸痛，而且这种酸痛往往是对称性的，还可能伴随关节肿胀、僵硬等症状，病情严重时会影响关节功能。
药物因素
他汀类药物： 一些服用他汀类药物的患者可能会出现肌肉酸痛的副作用，大约有1% - 5%的患者会有这种情况，表现为肌肉疼痛、无力等。不过一般在调整药物剂量或停药后，症状会有所缓解。