肌肉酸痛的原因有多种。一般来说，运动过量是常见原因之一，比如长时间不运动后突然进行大量运动，像一次运动超过1小时，就可能导致肌肉产生乳酸堆积，从而引发酸痛。
运动相关原因
运动强度过大：当进行高强度的无氧运动时，肌肉在短时间内会缺氧，进而进行无氧呼吸产生乳酸，乳酸堆积就会引起肌肉酸痛。例如进行1000米快跑这样的高强度运动后，很多人会出现腿部肌肉酸痛的情况。运动时间过长：持续运动超过90分钟，肌肉也容易因为能量消耗、代谢产物积累等出现酸痛。比如进行一场长时间的马拉松比赛后，选手们普遍会有全身肌肉酸痛的现象。
疾病因素导致
感染性疾病：像流感等病毒感染性疾病，除了有发热、咳嗽等症状外，也可能伴随全身肌肉酸痛，一般体温每升高1℃，肌肉酸痛可能会更明显。风湿性疾病：类风湿关节炎患者会出现关节周围肌肉酸痛，而且这种酸痛往往是对称性的，早上起床时可能更为明显，持续时间可能较长，有的能持续数小时甚至更久。
其他因素影响
寒冷刺激：在寒冷环境中暴露时间过长，肌肉受到寒冷刺激后，血管收缩，血液循环不畅，也会引发酸痛。比如在寒冷的冬天户外工作时间过长，就可能出现手部、脚部等部位肌肉酸痛。姿势不良：长时间保持不良姿势，如长期弯腰驼背工作，会使某些肌肉长时间处于紧张状态，时间一长就会导致肌肉酸痛，这种情况可能会持续数天，若不纠正姿势，还可能反复出现。