蛀牙蛀空了只剩下牙根，处理方式如下：
一、先到医院口腔科检查。
二、根据检查情况选择合适的方法，具体如下：
1.根管治疗：如果牙髓完整，且剩余的断端位于牙龈上或者龈下两毫米之内，那么可先对牙齿进行根管治疗。这种治疗是通过清除根管内的炎症牙髓和坏死物质，并进行适当消毒，再填充根管，以去除根管内容物对根尖周围组织的不良刺激，防止发生根尖周病变或促进根尖周病变的愈合。后期再进行桩冠修复，利用桩插入根管内以获得固位，从而恢复牙齿的外形和咀嚼功能。
2.牙齿拔除：要是牙齿髓腔遭到了破坏，或者剩余的断根位于龈下超过两毫米，又或者严重破坏，此时则需要尽快把牙齿拔除。拔除后，后期再根据具体情况选择合适的修复方式，比如种植牙修复或其他义齿修复。种植牙是将种植体植入颌骨内，以替代缺失的天然牙根，然后在其上方安装基台和人工牙冠，从而恢复咀嚼功能和美观；其他义齿修复包括活动义齿和固定义齿等。
总之，牙齿蛀得只剩下牙根时，一定要及时到医院口腔科就诊，以便采取最佳的治疗方法。