甲亢同位素治疗的副作用主要有以下这些方面：
一、甲状腺功能减退：甲亢同位素治疗主要借助碘-131进行放射治疗。在治疗时，如果释放出的射线剂量较大，就可能对甲状腺功能造成破坏，使体内甲状腺激素抑制反应增强，进而导致甲状腺功能减退。
二、疾病得不到控制：若在甲亢同位素治疗过程中使用的剂量过少，可能无法完全治愈疾病，致使甲亢得不到有效控制，让病情愈发严重。
三、胃肠道反应：少数患者在进行甲亢同位素治疗时可能出现胃肠道反应，一般表现为恶心、呕吐、腹泻、食欲不振，还可能伴有消化不良、腹部疼痛等症状。
四、放射性甲状腺炎：这种治疗会破坏甲状腺滤泡细胞，促使大量甲状腺激素被释放，从而可能诱发放射性甲状腺炎。严重的放射性甲状腺炎甚至可能引发甲状腺危象。
五、其他副作用：由于碘具有放射性，在甲亢同位素治疗后可能出现甲状腺肿、甲状腺萎缩等情况。对于合并甲亢突眼的患者，治疗后还可能导致突眼症状加重。此外，治疗后因短期内向体内释放大量甲状腺激素，还可导致短期内甲亢症状加重。
在进行甲亢同位素治疗期间，需要定期到医院内分泌科做相关检查，比如监测血常规、肝功能、甲状腺功能等，以便及时了解病情的恢复情况以及治疗效果。如果治疗效果不理想，就需要考虑更换其他方法进行治疗。总之，要根据实际情况权衡利弊，选择合适的治疗方式，以尽量减少不良反应的发生。