甲亢同位素治疗的副作用主要包括以下几个方面：
放射性甲状腺炎：治疗后1周左右可出现甲状腺部位疼痛和压痛，可伴有低热，少数患者可有颈部肿胀、吞咽困难等症状。
放射性碘治疗的剂量依赖性副作用：包括周身乏力、食欲减退、恶心、呕吐、毛囊炎症、一过性骨髓抑制、一过性肝损、皮肤瘙痒、甲状腺功能减退等。
治疗后甲减：随着时间的推移，部分患者可能会出现甲状腺功能减退，需要终身服用甲状腺激素替代治疗。
其他罕见的副作用：如治疗后短期内发生的Graves眼病加重、治疗后数年甚至数十年后发生的甲状腺癌等。
需要注意的是，这些副作用的发生几率和严重程度因人而异，医生会在治疗前详细评估患者的情况，并根据患者的具体情况制定个性化的治疗方案。对于孕妇、哺乳期妇女以及患有某些疾病的患者，同位素治疗可能不适用或需要特殊处理。
在进行同位素治疗后，患者需要遵循医生的建议，定期进行甲状腺功能检查和随访，以便及时发现和处理可能出现的副作用。如果出现任何不适症状，应及时就医。