自然流产是指妊娠不足28周、胎儿体重不足1000g而终止妊娠者，其中约50%~60%的早期流产与胚胎染色体异常有关。
胚胎因素
染色体异常： 染色体数目异常是常见原因，如三体、单体等。比如21三体综合征相关的胚胎，发生流产的概率就较高。染色体结构异常也会导致自然流产，像平衡易位、罗氏易位等结构异常的胚胎，很难正常发育至足月。
母体因素
全身性疾病
感染因素： 孕妇在妊娠早期感染风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等，可引起胚胎发育异常导致流产。例如，孕妇感染风疹病毒后，约10%~30%的胎儿会出现先天性畸形，其中流产的风险也会增加。内分泌异常： 黄体功能不全是常见的内分泌因素，约占早期流产的15%~20%。女性黄体期分泌孕酮不足，或子宫内膜对孕酮反应不良，会影响受精卵着床和发育。另外，甲状腺功能减退也会增加自然流产的风险，甲状腺激素分泌不足会影响胚胎的生长发育。
生殖器官异常
子宫解剖结构异常： 子宫畸形如单角子宫、双角子宫、纵隔子宫等，会影响胚胎着床和发育空间。据统计，子宫畸形的女性自然流产发生率比正常女性高。子宫肌瘤也可能导致流产，尤其是黏膜下子宫肌瘤，它会影响宫腔内环境，阻碍胚胎种植。
父亲因素
精子染色体异常可导致胚胎染色体异常，从而增加自然流产的风险。有研究表明，男性精子染色体畸形率较高时，其配偶自然流产的概率会升高。
环境因素
过多接触放射性物质，如X射线、γ射线等，或者长期接触甲醛、苯等化学毒物，都可能引起胚胎染色体断裂、畸变，导致自然流产。例如，在放射工作环境中未做好防护的女性，自然流产发生率明显高于正常人群。