自然流产的主要原因有多种，其中染色体异常是常见因素之一，约50%~60%的早期自然流产与胚胎染色体异常有关，染色体数目或结构异常都会影响胚胎正常发育从而导致流产。
母体因素
内分泌异常： 如黄体功能不全，约占30%。女性黄体期分泌孕酮不足，会影响子宫内膜容受性，使得胚胎难以着床或着床后不稳定而流产。甲状腺功能减退也可能导致自然流产，甲状腺激素分泌异常会干扰胚胎的生长发育过程。子宫异常： 子宫畸形是原因之一，像单角子宫、双角子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的种植和发育空间。子宫肌瘤也可能引发自然流产，尤其是黏膜下子宫肌瘤，它会改变宫腔内环境，阻碍胚胎正常生长。
免疫因素
自身免疫异常： 存在抗磷脂抗体综合征时，体内产生的抗磷脂抗体可与血管内皮细胞等结合，引起血管血栓形成，影响胎盘的血液供应，导致胚胎缺血缺氧而流产。系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病患者，自身免疫系统攻击自身组织，也增加了自然流产的风险。同种免疫异常： 母胎免疫耐受失衡，母体对胚胎产生免疫排斥反应，使得胚胎不能被母体正常接受，从而引发流产。比如一些免疫调节因子分泌异常，导致母体免疫系统对胚胎发动攻击。
环境因素
化学物质接触： 长期接触铅、汞、苯等有毒化学物质，会对胚胎发育产生不良影响，增加自然流产的几率。孕妇如果在工作或生活环境中接触到这类化学物质，就需要格外注意。辐射暴露： 孕妇接触过高剂量的电离辐射，像在放射科工作或接受过放射治疗等情况，辐射会损伤胚胎的细胞结构和遗传物质，导致胚胎发育异常进而流产。