肛门瘙痒并伴有小肉疙瘩，可能是以下原因引起：
1.痔疮：内痔或混合痔通常无炎症时不会出现疼痛，仅在肛门有肿物脱出或便后出血。内痔或混合痔发展到一定程度时，可出现肛门瘙痒和肛门有小肉疙瘩。
2.肛门湿疹：是一种皮肤病，可引起肛门瘙痒，有时还会出现红疹、红斑、糜烂、渗出、结痂、脱屑等。肛门湿疹的原因很复杂，与过敏、感染、局部刺激、消化不良等有关。
3.尖锐湿疣：是一种性传播疾病，由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起。肛门尖锐湿疣通常表现为肛门瘙痒、灼痛，肛门周围出现菜花状、乳头状赘生物。
4.肛管直肠脱垂：是指肛管、直肠黏膜或直肠全层甚至部分乙状结肠向下移位，脱出肛门外的一种疾病。肛管直肠脱垂患者常有肛门坠胀、排便不尽感，有时也会出现肛门瘙痒和肛门有小肉疙瘩。
5.恶性肿瘤：肛管、直肠的恶性肿瘤及肛管周围的恶性肿瘤，早期可以没有明显症状，到中晚期时，由于肿瘤溃烂、感染，可出现肛门瘙痒、肛门疼痛、肛门坠胀、大便带血、脓血便、里急后重等症状。
如果出现肛门瘙痒和肛门有小肉疙瘩，建议及时就医，明确诊断，以便进行针对性治疗。在就医前，应注意保持肛门清洁，避免搔抓、摩擦，避免食用辛辣、刺激性食物。