阴茎上长肉芽的常见原因包括：
一、包皮过长：若存在包皮过长甚至包茎的情况，会导致包皮、龟头频繁发炎，炎症刺激冠状沟，促使结缔组织增生，进而在龟头冠状沟表面形成一圈小颗粒或小肉芽状的改变。通常这类情况不会伴有疼痛或瘙痒症状。对此，可行包皮环切手术来进行治疗。
二、尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引发的以疣状病变为主的性传播疾病，可波及泌尿道、生殖道和肛肠等部位，多由不洁性行为导致。可前往皮肤性病科通过液氮冷冻治疗或激光治疗来处理。
三、珍珠疹：这是一种出现在阴茎冠状沟边缘和冠状沟处的珍珠状、半透明丘疹，属于皮肤病，可能与局部刺激、生理发育变异等有关。一般无需治疗，部分患者到中年后可能会自愈。
总之，当发现阴茎上长肉芽时，要根据具体情况判断原因，并采取相应的措施进行处理。如果自己无法确定，应及时就医，以便得到准确的诊断和恰当的治疗。