肠系膜淋巴结炎多由病毒、细菌感染引起。比如病毒感染中，像柯萨奇B组病毒等，常通过呼吸道或消化道入侵人体，进而累及肠系膜淋巴结。细菌感染方面，像链球菌、葡萄球菌等感染也可能引发该病。
病毒感染引发：
肠道病毒感染： 肠道病毒可经口进入人体，在肠道内繁殖后，通过淋巴系统到达肠系膜淋巴结，引发炎症反应。儿童相对更容易受到肠道病毒的侵袭，因为他们的免疫系统发育还不够完善。上呼吸道病毒感染蔓延： 当孩子患上感冒等上呼吸道病毒感染时，病毒可通过血液循环波及肠系膜淋巴结。例如，在冬春季节，上呼吸道病毒感染高发，此时肠系膜淋巴结炎的发生率也会有所升高。
细菌感染导致：
链球菌感染： 链球菌可通过咽喉部侵入人体，然后经血流到达肠系膜淋巴结。比如孩子患上扁桃体炎，由A组乙型链球菌感染引起，若未及时控制，细菌可能扩散至肠系膜淋巴结，引发炎症。葡萄球菌感染： 皮肤或其他部位的葡萄球菌感染，其细菌也可能经血液传播到肠系膜淋巴结。当皮肤有破损，葡萄球菌入侵后，就有机会随着血液循环到达肠系膜淋巴结引发炎症。
其他因素影响：
免疫力低下人群： 本身免疫力低下的人，比如患有艾滋病等免疫缺陷疾病的患者，更容易受到病原体的侵袭，从而增加患上肠系膜淋巴结炎的风险。饮食不规律人群： 长期饮食不规律，会影响身体的正常代谢和免疫功能，使得身体抵御病原体的能力下降，也可能诱发肠系膜淋巴结炎。例如经常暴饮暴食、挑食的人，就可能处于相对免疫力较低的状态。