婴儿便秘的原因有多种。一般来说，婴儿饮食结构不合理是常见原因之一，比如以奶粉喂养为主的婴儿，若冲调奶粉的比例不当，浓度过高就容易引发便秘，大约有20% - 30%的奶粉喂养婴儿会因冲调问题出现便秘情况。
饮食因素导致
奶粉冲调不当： 奶粉冲调过浓时，其中的蛋白质等成分相对过多，婴儿消化不了，就易引起便秘。正确的冲调应严格按照奶粉包装上的比例来。辅食添加不合理： 添加辅食过早或者辅食中膳食纤维摄入不足也会导致便秘。比如过早给婴儿添加大米糊等精细辅食，缺乏足够的蔬菜泥、水果泥等富含膳食纤维的食物，就可能引发便秘。一般建议婴儿满6月龄后再逐渐添加辅食，且添加辅食要遵循由少到多、由细到粗、由一种到多种的原则。
生理结构因素
肠道功能未完善： 婴儿的肠道神经调节功能还不完善，肠道蠕动相对较慢。尤其是新生儿，肠道蠕动协调性差，大约在出生后的前几个月，这种情况比较明显，容易出现便秘。肛门括约肌发育情况： 婴儿的肛门括约肌功能还没完全发育成熟，排便反射相对较弱，也容易导致便秘。比如有的婴儿不能很好地感知排便信号，从而出现便秘现象。
疾病因素影响
先天性肠道畸形： 虽然比较少见，但如先天性巨结肠等肠道畸形疾病会引起婴儿便秘。患有先天性巨结肠的婴儿，肠道某段神经节细胞缺失，导致肠道蠕动功能异常，出现顽固性便秘，这种情况需要及时就医诊治。甲状腺功能减退： 婴儿甲状腺功能减退时，身体代谢会减慢，胃肠蠕动也会变缓，从而引发便秘。这类婴儿除了便秘外，往往还伴有嗜睡、吃奶少、皮肤粗糙等其他症状。