婴儿总是便秘可能由多种原因引起，比如饮食因素，若婴儿摄入的母乳或配方奶中水分不足，就容易导致便秘，一般来说，6个月以内纯母乳喂养的婴儿，每天需保证800~1000毫升的奶量来补充水分。
饮食方面的原因
母乳不足导致： 如果是母乳喂养的婴儿，妈妈摄入水分过少，会使母乳中水分含量不足，从而导致婴儿便秘。妈妈每天至少要保证饮用1500~2000毫升的水来保证母乳水分充足。配方奶冲调不当： 冲调配方奶时，若奶粉调配过浓，超出了婴儿消化能承受的范围，也会引发便秘。通常建议按照奶粉包装上的标准比例来冲调配方奶。
肠道功能发育不完善
肠道蠕动慢： 婴儿的肠道神经发育尚不完善，肠道蠕动相对较慢，食物在肠道内通过的时间较长，水分被过度吸收，就容易造成便秘。一般婴儿在6个月左右肠道功能会逐渐完善，但在此之前相对较弱。肠道菌群失衡： 婴儿肠道内菌群还未完全建立稳定，若受到外界因素影响，比如使用抗生素等，容易导致肠道菌群失衡，进而影响肠道的正常功能，出现便秘情况。
疾病因素影响
先天性巨结肠： 这是一种肠道发育畸形，由于部分肠道神经节缺失，导致肠道蠕动功能障碍，婴儿会出现顽固性便秘，且往往从新生儿时期就可能有表现。甲状腺功能减退： 婴儿甲状腺功能减退时，身体代谢会减慢，胃肠蠕动也会变缓，从而引发便秘，同时还可能伴有嗜睡、反应迟钝、吃奶少等其他症状。