扁平疣可以使用的药膏有多种，如维A酸类药膏，像0.1%维A酸乳膏，它能调节表皮细胞的分化和增殖，促进疣体脱落，但可能会有局部刺激等不良反应，使用时要注意避免接触正常皮肤。
维A酸类药膏：
0.1%维A酸乳膏： 通过影响表皮细胞的代谢来发挥作用，不过使用后可能会出现局部皮肤的轻度发红、脱屑等情况，一般在晚上睡前使用效果较好，而且对于孕妇、哺乳期妇女以及对维A酸过敏的人是禁用的。他扎罗汀凝胶： 属于第三代维A酸类药物，作用机制类似，但起效可能相对较慢一些，使用时也需要注意避免阳光照射，避免用于皮肤破损处等。
抗病毒类药膏：
重组人干扰素α-2b凝胶： 它可以调节免疫功能，发挥抗病毒作用，能够抑制病毒的复制，从而帮助消除扁平疣。不过使用过程中可能会有局部的轻度瘙痒、灼痛等不适，一般需要连续使用数周才能见到明显效果，对于过敏体质者要慎用。咪喹莫特乳膏： 它可以刺激机体产生干扰素等细胞因子，发挥抗病毒和免疫调节作用，不过部分人使用后可能会出现局部红斑、脱屑、糜烂等不良反应，在使用时要注意按照正确的方法涂抹，并且避免接触正常皮肤。
水杨酸类药膏：
水杨酸软膏： 水杨酸具有角质剥脱作用，能够帮助去除疣体表面的角质层，促使扁平疣逐渐消退。使用时要注意控制用量和范围，避免大面积使用导致皮肤刺激过度，对于皮肤有破损、过敏的人不建议使用。复方水杨酸苯甲酸搽剂： 其中含有水杨酸等成分，也有一定的角质剥脱和抑菌等作用，不过使用时要注意观察皮肤的反应，若出现明显不适要及时停药。另外，除了外用药膏，还可以结合其他治疗方法，比如物理治疗等，但具体的治疗方案要根据个人的病情、年龄等情况由医生来综合制定。同时，在使用药膏过程中要严格按照医嘱或药品说明书来使用，注意观察皮肤的变化，如有异常及时就医。