扁平疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的良性赘生物，治疗扁平疣的药膏有多种，常用的如维A酸类药膏，一般连续使用数周可能见效。
维A酸类药膏
维A酸乳膏： 它可以调节表皮细胞的更新，促进角质层脱落，从而达到治疗扁平疣的作用。使用时要注意避免用于皮肤破损处，而且孕妇、哺乳期妇女以及对维A酸过敏者禁用。一般需要连续使用几周时间才能看到效果。阿达帕林凝胶： 属于第三代维A酸类药物，对扁平疣也有一定的治疗作用。使用时同样要注意避光，避免在阳光下暴晒，也不适合用于皮肤有破损、湿疹样变等情况的部位，对于孕妇、哺乳期女性以及过敏体质者要谨慎使用。
抗病毒类药膏
重组人干扰素α-2b凝胶： 它可以通过调节免疫功能来发挥抗病毒作用，从而帮助清除引起扁平疣的HPV病毒。使用时要注意保持用药部位的清洁干燥，如果用药部位出现红肿、瘙痒等不适症状，应及时停药并清洗局部。儿童使用时需在成人监护下进行。咪喹莫特乳膏： 它能刺激机体产生干扰素等细胞因子，发挥抗病毒和免疫调节作用来治疗扁平疣。使用时要避免接触眼睛、口腔等黏膜部位，用药后局部可能会出现红斑、脱屑等反应，一般继续用药会逐渐消失，孕妇、哺乳期妇女以及免疫功能低下者使用需谨慎。
其他外用药物
5-氟尿嘧啶软膏： 它可以抑制细胞的增殖，起到一定的治疗扁平疣作用，但可能会引起局部刺激，如红肿、糜烂等不良反应，所以面部等皮肤薄嫩部位要慎用，孕妇禁用。水杨酸制剂： 水杨酸有促进角质剥脱的作用，也可用于扁平疣的治疗。使用时要注意控制浓度和使用范围，避免大面积使用引起全身吸收等不良反应，皮肤敏感者使用要格外小心。