慢性直肠炎的治疗药物需根据病情来选择，一般会用到抗炎药物等。比如柳氮磺吡啶是常用的治疗慢性直肠炎的药物，它能起到抗炎作用。
抗炎类药物
氨基水杨酸制剂： 像柳氮磺吡啶，它可以在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸能够抑制前列腺素合成，从而减轻炎症反应。不过，部分人服用后可能会出现恶心、呕吐等胃肠道不适症状。糖皮质激素： 对于病情较重的慢性直肠炎患者，可能会使用糖皮质激素，如泼尼松。它能快速减轻炎症，但长期使用可能会有一些副作用，像骨质疏松、免疫力下降等。不过，一般是短期应用来控制急性发作。
调节肠道菌群药物
益生菌类： 例如双歧杆菌四联活菌片，它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能够调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，有助于缓解慢性直肠炎引起的腹泻、腹痛等症状。一般可以长期服用来维持肠道菌群稳定，但在服用时要注意不能用过热的水送服，以免杀死活菌。枯草杆菌二联活菌颗粒： 里面含有枯草杆菌和肠球菌，也能调节肠道菌群，对慢性直肠炎导致的肠道功能紊乱有一定的改善作用。同样，服用时要注意水温适宜。
保护肠黏膜药物
蒙脱石散： 它可以覆盖在肠黏膜表面，保护肠黏膜，吸附肠道内的毒素和病菌，起到止泻和修复肠黏膜的作用。一般每次服用3克，用50毫升左右的温水冲服，服用后可能会有轻微便秘的情况，通常停药后可缓解。硫糖铝： 能在肠道内形成保护膜，保护受损的肠黏膜，促进黏膜修复。但它可能会引起便秘等不良反应，而且肾功能不全者要慎用。