慢性结肠炎的治疗药物需根据具体病情来选，常用的有氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，一般可用于轻中度慢性结肠炎的治疗，能缓解炎症反应。
氨基水杨酸制剂类药物
5-氨基水杨酸制剂： 除了柳氮磺吡啶，还有美沙拉嗪等。美沙拉嗪有不同剂型，如缓释片、灌肠剂等，对于左半结肠及直肠部位的慢性结肠炎，灌肠剂可能更直接发挥作用，能在局部发挥抗炎效果。
糖皮质激素类药物
全身性应用糖皮质激素： 当氨基水杨酸制剂疗效不佳时，可考虑使用。比如泼尼松，适用于病情较重的患者，但长期使用可能会有一些副作用，像骨质疏松、感染风险增加等，所以一般是在病情急性发作期短期应用。局部应用糖皮质激素： 对于病变局限在直肠、乙状结肠的慢性结肠炎，可使用布地奈德灌肠剂，局部用药相对全身性用药能减少全身副作用，不过也需在医生指导下根据病情调整。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的慢性结肠炎患者，它通过抑制免疫反应来发挥作用，但起效相对较慢，一般需要几周甚至数月才能看到效果，而且使用过程中要监测血常规等指标，因为可能会有骨髓抑制等不良反应。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制类似，也可用于慢性结肠炎的治疗，同样要注意其可能带来的血液系统等方面的不良反应。
益生菌类药物
调节肠道菌群： 像双歧杆菌四联活菌片等益生菌制剂，可调节肠道菌群平衡，改善肠道微生态环境，辅助治疗慢性结肠炎，尤其对于肠道菌群失调相关的慢性结肠炎有一定帮助。不过它不能替代主要的抗炎等治疗药物，一般作为辅助用药。注意事项： 益生菌制剂通常需要用温水送服，温度过高会杀死益生菌，影响其效果。