自然流产不干净的处理方法包括服用活血化瘀类药物促进组织和恶露排出，若效果不佳则需进行清宫治疗如负压吸引术。同时自然流产后的女性要注意多休息，避免重体力劳动，增加营养，避免食用活血和刺激性食物。
一、服用活血化瘀类药物
1.益母草颗粒：主要成分为益母草。其能促进子宫收缩，有助于淤血和残留物排出，副作用较小。
2.血府逐瘀胶囊：可帮助改善血液循环，促进残留组织的排出。
二、清宫治疗
负压吸引术：患者需先排空膀胱，然后利用宫颈钳固定子宫，接着将吸头放入宫腔直至宫底位置，在宫腔内转动以寻找残留组织并吸出体外，从而达到清除效果。
自然流产后的女性在恢复期间要特别注意：多休息，不可进行重体力劳动，以免影响身体恢复；要增加营养的补充，满足身体恢复所需；避免食用活血食物和刺激性食物，以防加重出血情况。总之，自然流产不干净的处理要根据具体情况选择合适方法，且流产后要做好各方面的护理。