经期缩短至只有三天的原因可能有以下几点：
1.内分泌紊乱：
情绪因素：如果女性在经期时精神紧张、焦虑、压力过大或受到重大精神刺激，可能导致内分泌紊乱，从而使经期缩短。
生活习惯：长期熬夜、作息不规律、过度节食等也可能影响内分泌，导致经期缩短。
其他：患有多囊卵巢综合征、高泌乳素血症等内分泌疾病，或口服避孕药等，也可能出现经期缩短的情况。
2.卵巢功能减退：
年龄因素：随着年龄的增长，卵巢功能逐渐减退，可能导致雌激素分泌不足，从而使经期缩短。
疾病因素：如卵巢早衰、早发性卵巢功能不全等，会使卵巢提前衰退，影响激素分泌，导致经期缩短。
3.其他：
子宫内膜受损：多次人工流产、刮宫等宫腔操作，可能导致子宫内膜受损，使子宫内膜变薄，从而引起经期缩短。
全身性疾病：如贫血、甲状腺功能亢进、慢性肝炎等，也可能影响月经，导致经期缩短。
如果经期缩短的情况持续存在或伴有其他异常症状，如经量过多、过少、痛经、血块等，建议及时就医，进行相关检查，如性激素六项、B超等，以明确原因，并在医生的指导下进行针对性治疗。同时，保持良好的生活习惯，注意休息，避免过度劳累和精神紧张，有助于维持月经的正常。