发烧口腔溃疡可能由多种原因引起，比如疱疹性口炎，这种情况多发生在儿童身上，由单纯疱疹病毒感染导致，通常会在1 - 2周内自行恢复，但期间可能伴有发热等症状。
感染因素导致
病毒感染： 除了单纯疱疹病毒引发疱疹性口炎导致发烧口腔溃疡外，柯萨奇病毒引起的疱疹性咽峡炎也会出现这种情况，患者会突然发热，体温可达39℃左右，同时口腔咽峡部出现疱疹，破溃后形成溃疡。细菌感染： 当人体免疫力下降时，口腔内的金黄色葡萄球菌等细菌滋生，可能引发口腔感染，出现口腔溃疡，同时伴有发热症状，一般体温在38℃左右，还可能伴有局部红肿等表现。
自身免疫因素
白塞病： 这是一种自身免疫性疾病，除了口腔反复出现溃疡外，还可能伴有发热症状，发热多为低热，体温在37.5℃ - 38.5℃之间，同时可能出现眼部病变、生殖器溃疡等表现。复发性阿弗他溃疡： 虽然主要以口腔反复溃疡为特征，但部分患者在发作时也可能伴有低热，这种低热一般持续时间较短，体温多在37.5℃左右，溃疡具有周期性、复发性和自限性特点。
其他因素
营养缺乏： 当人体缺乏维生素B2、维生素B12等营养素时，容易出现口腔溃疡，同时可能伴有轻度发热，一般体温不超过38℃，这种情况在挑食、节食的人群中较为常见。内分泌变化： 女性在月经前后，由于体内雌激素水平变化，可能出现口腔溃疡，部分女性还可能伴有低热，体温多在37.2℃ - 37.8℃之间，月经结束后症状多可缓解。