口腔溃疡、发烧、咳嗽可能由多种原因引起，比如病毒感染相关情况。像疱疹性口炎，是由单纯疱疹病毒引起，儿童多见，可能在1 - 2周内出现这些症状。
可能的病因分类一：病毒感染
疱疹性口炎： 由单纯疱疹病毒Ⅰ型感染所致，多见于6岁以下儿童，尤其是6个月 - 2岁的婴幼儿。除了口腔溃疡、发烧、咳嗽外，还会在口腔黏膜出现成簇小水疱，破溃后形成溃疡。流感病毒感染： 甲型和乙型流感病毒可引发流感，患者会有发热、咳嗽症状，同时可能伴有口腔黏膜充血、溃疡等表现，一般发热可持续3 - 5天。
可能的病因分类二：细菌感染
链球菌性咽炎： 由A组乙型溶血性链球菌引起，会出现发热、咽痛、咳嗽等症状，部分患者口腔内可见咽部黏膜充血、肿胀，软腭处有脓性渗出物，也可能伴有口腔溃疡。一般发热体温可达到38℃以上。金黄色葡萄球菌感染： 当人体免疫力下降时，金黄色葡萄球菌可侵犯口腔、呼吸道等部位，导致口腔溃疡、发热、咳嗽，发热多为中等度热或高热。
可能的病因分类三：自身免疫性疾病
白塞病： 是一种慢性自身免疫性疾病，可出现反复发作的口腔溃疡，同时伴有眼炎、生殖器溃疡，还可能有发热、咳嗽等全身症状，发热多为低热或中等度热。复发性阿弗他溃疡合并感染： 本身有复发性阿弗他溃疡的患者，若合并细菌或病毒感染，就会出现溃疡加重，同时伴有发热、咳嗽等表现，发热程度因人而异。