生理性卵巢囊肿和病理性卵巢囊肿一般可通过临床表现、查体以及辅助检查来区分，具体如下：
一、临床表现：
1.生理性囊肿：患者通常无明显症状，体检时可能之前未提示有卵巢囊肿或囊肿有时有有时无。
2.病理性囊肿：持续存在，当囊肿增大时会出现尿频、尿急或便秘等情况，若是恶性卵巢囊肿，患者多有腹胀、腹部肿块等症状。
二、辅助检查：
1.妇科B超检查：生理性囊肿经妇科B超检查小于5厘米，一般两三个月后会逐渐消失。
2.病理学检查：这是鉴别囊肿性质的金标准，通过病理切片可明确判断卵巢囊肿的性质。
患有卵巢囊肿的女性应及时到医院就诊，除了病史和化验检查外，医生的内诊也非常重要，需要由专业医生根据具体情况进行综合判断，并依据诊断结果进行针对性治疗，以免延误病情。
总之，对于卵巢囊肿要从多方面进行区分和判断，以便采取正确的应对措施。