阴茎皮肤出现小疙瘩的原因众多，包括皮脂腺增生、毛囊炎、过敏性原因、生殖器疱疹、尖锐湿疣等。
一、皮脂腺增生：局部皮脂腺分泌过于旺盛时，可能导致突出于皮肤表面的小丘疹形成，通常无疼痛和瘙痒感，一般无需特殊处理。
二、毛囊炎：阴茎皮肤毛囊受到继发感染，会引发阴茎皮肤出现小疙瘩，可外用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等药物进行治疗。
三、过敏性原因：比如接触性皮炎、湿疹、药疹等，也会致使阴茎皮肤有小疙瘩的症状出现，可外用炉甘石洗剂、氢化可的松软膏等药物进行治疗。
四、生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒感染引起的生殖器疱疹，早期会让阴茎皮肤上出现小疙瘩，随后会形成水泡、溃疡、糜烂、渗出等情况。可外用阿昔洛韦软膏、喷昔洛韦软膏等抗病毒药物进行治疗。
五、尖锐湿疣：这是由人乳头瘤病毒感染导致的一种性传播疾病，会使阴茎皮肤上长出突出于皮肤表面的赘生物，其外观呈乳头状或鸡冠状。可外用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊，或者采用激光、冷冻等方式进行治疗。
阴茎皮肤有小疙瘩还可能存在其他原因，需及时前往医院检查，并遵医嘱进行治疗。
总之，当发现阴茎皮肤有小疙瘩时，要考虑多种可能的原因，明确诊断后选择合适的治疗方法。