脑干损伤后可能会遗留多种后遗症。一般来说，脑干损伤后约有30% - 50%的患者会遗留不同程度的后遗症。
运动功能方面的后遗症
肢体运动障碍： 患者可能出现肢体瘫痪，比如单侧或双侧肢体无力，无法正常进行行走、抓取物体等动作。严重的情况下，肢体可能长期处于僵硬、挛缩状态，影响肢体的正常活动。精细运动困难： 脑干损伤还可能导致患者的精细运动功能受损，像手指的精准操作能力下降，比如拿笔写字、扣纽扣等动作难以完成，这会极大影响患者的日常生活自理能力。
认知与意识方面的后遗症
意识障碍迁延： 部分患者可能长期处于意识模糊、嗜睡甚至昏迷状态。即使意识有所恢复，也可能存在反应迟钝的情况，对周围环境的感知和回应能力较常人明显下降。认知功能减退： 会出现记忆力减退，尤其是近期记忆力下降较为突出，很难记住新发生的事情；注意力也难以集中，学习新知识和处理复杂信息的能力减弱，影响患者的学习和工作能力恢复。
颅神经功能后遗症
眼球运动障碍： 脑干与眼球运动的神经密切相关，损伤后可能出现眼球活动受限，比如眼球不能正常上下左右转动，导致视物范围受限，还可能出现复视现象，即看东西有重影，影响视觉功能和日常活动。吞咽与语言障碍： 患者可能出现吞咽困难，进食时容易呛咳，进而影响营养摄入；语言方面可能表现为构音障碍，说话不清楚，严重时可能出现失语，无法正常表达自己的想法和需求，这对患者的社交和生活交流造成很大阻碍。
自主神经功能后遗症
体温调节紊乱： 脑干中有调节体温的中枢，损伤后可能出现体温调节失常，表现为体温不稳定，容易出现发热或低体温的情况，而且体温波动较大，难以通过常规的体温调节方式来维持稳定。血压心率异常： 还可能导致血压和心率的波动异常，比如血压忽高忽低，心率过快或过慢，这会增加心血管系统的负担，长期下去可能引发更严重的心血管并发症。