脑干损伤后可能出现多种后遗症，比如长期昏迷是常见情况，约有30% - 50%的脑干损伤患者会陷入长期昏迷状态。
运动功能障碍方面
肢体瘫痪：脑干损伤可能导致肢体瘫痪，常见的是单侧或双侧肢体运动功能减退。比如有的患者会出现上肢无法正常抬起、下肢行走困难等情况。这是因为脑干中控制运动传导的神经纤维受损，影响了神经信号向肢体的传导。肌张力异常：还可能出现肌张力异常，部分患者会表现为肌张力增高，肢体变得僵硬，活动受限；也有部分患者肌张力降低，肢体松软无力。
认知与精神方面
认知障碍：会出现不同程度的认知障碍，像注意力不集中，患者很难长时间专注于一件事情；记忆力减退，尤其是近期记忆力下降明显，可能记不住刚发生的事情。这是由于脑干损伤影响了与认知功能相关的神经结构和神经递质的正常功能。精神异常：部分患者会有精神异常表现，比如情绪不稳定，容易出现烦躁、焦虑或者抑郁等情绪；有的还可能出现人格改变，行为和性格与之前相比有较大差异。
颅神经功能障碍方面
眼球运动障碍：脑干损伤常导致眼球运动障碍，常见的有眼球不能正常转动，双眼同向运动受限等。例如患者无法顺利地向左、向右或向上、向下转动眼球。这是因为脑干中控制眼球运动的神经核团或神经纤维受损。面部感觉与运动异常：会出现面部感觉异常，比如面部麻木等；面部运动也可能受到影响，像闭眼无力、口角歪斜等情况也较为常见。