怀孕发现卵巢囊肿需依据其大小和性质来明确治疗方式。应尽快前往医院，完成相关检查后积极予以处置。
一、首先，当怀孕时发现卵巢囊肿，要先进行肿瘤五项检查，以此评估囊肿的良恶性。
1.如果卵巢囊肿体积较小，且未在短时间内迅速增大，通常可判断为良性。这种情况下可以暂不治疗，而是注重定期复查。但要是考虑囊肿大于五公分，可选择在孕14周后进行囊肿剥除术，并送病理检查，术后给予安胎处理。
2.然而，若卵巢囊肿体积较大，同时在短时间内快速增长，就需要考虑存在恶性病变，或者有囊肿破裂、囊肿蒂扭转等状况，此时就必须进行手术治疗。
二、通常来说，摘除卵巢囊肿最适宜的手术时间是妊娠16至24周，这期间子宫相对较为稳定，不容易引发流产或早产等情况。手术过程中要应用胎儿保护药物以抑制子宫收缩，并进行病理检查。
总之，怀孕时发现卵巢囊肿要谨慎对待，根据具体情况选择合适的治疗方法和时机，以保障孕妇和胎儿的健康安全。