巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见类型，其症状表现多样。约1/3的患者可能没有明显症状，而有症状的患者主要表现为以下几方面：
月经方面的症状
经量异常：部分患者会出现月经量增多的情况，有的女性月经量可能较以往增加50%以上，月经持续时间也可能延长，比如原本5天干净，现在可能7 - 8天仍未干净。经期腹痛：这是比较典型的症状，多为继发性痛经，且呈进行性加重。一般从月经前1 - 2天开始出现，月经第一天最严重，以后逐渐减轻，可延续至整个经期。疼痛部位多为下腹部深部和腰骶部，可放射至会阴、肛门或大腿等部位。
盆腔相关症状
盆腔疼痛：除了经期腹痛，在非经期也可能有盆腔疼痛，尤其是在性交、排便等情况时可能会加重。比如有的患者在性生活时会感到下腹部疼痛不适。盆腔包块：有些患者自己能摸到下腹部包块，尤其是囊肿较大时。包块可活动，与周围组织粘连时活动度受限。一般通过妇科检查或B超等检查可发现盆腔内有囊性包块。
对生育的影响
不孕：巧克力囊肿可能会影响卵巢的正常功能以及盆腔内环境，从而导致不孕。据统计，患有巧克力囊肿的女性中，约30% - 50%存在不孕的情况。患者可能因为盆腔粘连、卵巢功能异常等原因，难以正常受孕。异位妊娠：巧克力囊肿患者发生异位妊娠（宫外孕）的风险也比正常女性高。这是因为盆腔内环境的改变可能影响受精卵的正常着床位置。
其他可能症状
肠道症状：如果巧克力囊肿累及肠道，可能会出现腹痛、腹泻、便秘等症状，甚至在经期出现便血等情况。例如有的患者在月经期间会出现腹痛伴腹泻的表现，且症状与月经周期相关。泌尿系统症状：当囊肿累及泌尿系统时，可能会出现尿频、尿急、尿痛等症状，或者压迫输尿管导致肾盂积水等情况。