巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见类型，其症状表现多样。约1/3的患者可能没有明显症状，而有症状的患者主要表现为以下几方面：
月经相关症状
痛经： 这是巧克力囊肿比较典型的症状之一，多为继发性痛经，且呈进行性加重。一般从月经前1 - 2天开始出现，持续整个经期。有的患者痛经程度较重，甚至会影响日常生活和工作，需要服用止痛药来缓解。月经异常： 可能出现月经量增多、月经周期紊乱等情况。比如月经量较以往明显增多，经期延长等，这是因为囊肿影响了卵巢的正常功能，导致激素分泌失衡，从而引起月经改变。
盆腔相关症状
盆腔疼痛： 除了痛经外，还可能有盆腔的慢性疼痛。在非经期也可能出现下腹部的隐痛或坠胀感，尤其是在性生活时可能会出现疼痛。这种疼痛会持续存在，给患者带来长期的不适。性交疼痛： 当进行性生活时，由于盆腔内囊肿的存在，可能会刺激周围组织，导致性交时出现疼痛，这会影响夫妻生活质量。
生育相关症状
不孕： 巧克力囊肿会对生育产生一定影响，大约30% - 50%的子宫内膜异位症患者伴有不孕。这是因为囊肿可能会影响卵巢的排卵功能，还会干扰输卵管的正常蠕动，使卵子和精子难以结合，或者影响受精卵的着床，从而导致不孕。宫外孕风险增加： 由于盆腔内环境受到巧克力囊肿的影响，受精卵可能无法正常运输到子宫腔，而在输卵管等部位着床，增加了宫外孕的发生风险。