女性尿道口囊肿常见的症状有局部肿物突出，一般能看到或摸到尿道口附近有小的隆起物，大小不一，有的直径可能在几毫米到1厘米左右。还可能出现排尿不适，比如排尿时感觉尿道口有异物感，排尿不畅等情况，有的女性会觉得排尿时有点梗阻感，或者尿液排出不顺畅。另外，部分患者可能会有局部的疼痛，尤其是在囊肿受到摩擦、感染等情况时，会感到尿道口部位疼痛，走路或者排尿时疼痛可能会加重。
囊肿的外观表现
小囊肿表现： 有的女性尿道口囊肿比较小，可能就是尿道口附近有个小小的凸起，颜色和周围正常组织相近，不仔细看不太容易发现，直径可能在2 - 3毫米左右，表面比较光滑。大囊肿表现： 而较大的囊肿，隆起会更明显，直径能达到1厘米甚至更大，形状多为圆形或者椭圆形，突出于尿道口外，用手触摸能感觉到明显的肿物。
对排尿的影响
轻度影响： 囊肿较小时，可能对排尿影响不明显，只是偶尔感觉尿道口有轻微的异样感，不影响正常排尿的量和频率，一天排尿次数和尿量基本和平时差不多，可能一天排尿4 - 6次，每次尿量在200 - 400毫升左右。重度影响： 但如果囊肿较大，就可能严重影响排尿，导致排尿困难，尿线变细，排尿时间延长，有的女性可能需要花费更长时间才能排完一次尿，甚至可能出现尿潴留，也就是膀胱里的尿排不出来，肚子会有明显的胀痛感。
伴随的疼痛情况
无感染时： 如果囊肿没有发生感染，一般疼痛不明显，可能只是偶尔有轻微的坠胀感，不影响正常生活。感染时： 当囊肿发生感染后，疼痛会比较明显，局部会出现红肿，疼痛会加重，走路时因为摩擦，疼痛会更厉害，排尿时尿液刺激囊肿部位，也会让疼痛加剧，有的女性会感觉尿道口像针扎一样疼，疼痛程度可能会影响她的行动和排尿时的感受。