肝内钙化灶主要是肝细胞损伤后钙质沉积导致的影像学改变，而肝内胆管结石是肝内胆管中有结石。具体如下：
一、形成原因不同
1.肝内钙化灶主要是肝脏出现一些病变如炎症反应、肝结核、原有肝脏内良性或恶性肿瘤退缩坏死等，导致局部钙质沉积而形成，其不在胆管里。而肝内胆管结石是在胆管内存在结石，多数继发于胆囊结石，主要由胆道感染、寄生虫梗阻、先天性发育畸形等因素引起，与胆道相通，是长在胆管里的。
二、临床症状不同
2.肝内钙化灶一般是良性病变，多数患者没有明显临床症状，常在体检中被发现。肝内胆管结石则可能引起发热、腹痛、黄疸、肝功能损害等症状。
三、检查表现不同
3.鉴别肝内钙化灶和肝内胆管结石可选择腹部B超、腹部CT及磁共振等检查。肝内胆管结石在检查中表现为肝内出现点状、斑点状、条索状或团块状的强回声，沿肝内胆管走行分布，边界不规则，后方常伴声影，肝内的某一段或某一叶多处损害，且多见于肝左叶受累。肝内钙化灶的强回声病变可出现在肝实质任何部位，与肝内胆管走行不一致，可伴有声影，其周边的肝组织正常，多发生于肝右叶。
四、治疗方法不同
4.肝内钙化灶一般不会自行消退也不会继续发展，多数患者无需治疗，定期复查腹部B超，随访观察即可。而肝内胆管结石主要以手术治疗为主。
总之，肝内钙化灶和肝内胆管结石在形成原因、临床症状、检查表现和治疗方法等方面都存在明显差异，需要通过相关检查进行准确鉴别和针对性治疗。