多囊卵巢综合征的起因目前还不完全明确，一般认为可能与遗传因素有关，据研究，约有50% - 70%的患者存在遗传异常。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么女性患病的风险会相对增高。比如母亲患有多囊卵巢综合征，其女儿患病的概率比正常人群要高很多。基因变异影响： 一些特定的基因发生变异可能会增加患多囊卵巢综合征的可能性，目前已经发现多个与该疾病相关的基因位点存在变异情况，这些基因变异会影响内分泌调节等功能，从而引发多囊卵巢综合征。
内分泌失调方面
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节紊乱： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素以及垂体分泌的促性腺激素失衡，会影响卵巢的正常功能。例如垂体分泌的促黄体生成素（LH）水平升高，促卵泡生成素（FSH）水平相对偏低，这种LH/FSH比值异常会干扰卵巢的排卵功能，导致排卵障碍。胰岛素抵抗因素： 约有50% - 70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗现象。即身体对胰岛素的敏感性降低，为了维持正常的血糖水平，胰腺会分泌更多的胰岛素，形成高胰岛素血症。高胰岛素血症又会刺激卵巢分泌过多的雄激素，进一步加重多囊卵巢综合征的症状，如多毛、痤疮等，同时也会影响排卵等。
生活方式因素方面
饮食不合理： 长期高热量、高脂肪、高糖的饮食结构可能会增加患多囊卵巢综合征的风险。比如经常大量摄入油炸食品、甜品等，会导致身体肥胖，而肥胖又是多囊卵巢综合征的一个重要危险因素。缺乏运动： 运动量过少的人群更容易出现内分泌紊乱等问题，长期缺乏运动使得身体代谢减慢，脂肪堆积，进而影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常功能，增加多囊卵巢综合征的发病几率。长期精神压力大： 长期处于高压力状态下，会影响神经内分泌系统的调节，导致激素分泌失衡，也可能诱发多囊卵巢综合征。例如一些长期面临工作、生活等多方面压力的女性，患该病的风险可能会升高。