发烧过后全身酸痛主要是因为发烧时身体代谢加快，体内会产生如前列腺素等致痛物质，同时肌肉在发热过程中会发生无氧代谢，产生乳酸堆积，从而导致全身酸痛。一般来说，这种全身酸痛会在发烧好转后的1~2天内逐渐缓解，但也可能持续3~5天。
乳酸堆积导致酸痛
肌肉无氧代谢： 当人体发烧时，体温升高会使肌肉的代谢速度加快，此时身体对氧气的需求增加，但血液循环一时无法完全满足，肌肉就会进行无氧代谢。在无氧代谢过程中，葡萄糖会转化为乳酸。比如，人在剧烈运动后也会有乳酸堆积，但发烧时的情况类似，只是原因不同。乳酸积累部位： 乳酸会在肌肉组织中堆积，尤其是腿部、腰部等肌肉较多的部位，当乳酸积累到一定程度，就会刺激肌肉中的神经末梢，从而引发酸痛感。
炎症介质刺激神经
前列腺素等介质释放： 发烧往往是身体受到感染或其他刺激后引发的免疫反应，身体会释放前列腺素等炎症介质。这些炎症介质会作用于神经末梢，使神经末梢对疼痛的敏感性增加。例如，在一些炎症性疾病导致发烧时，前列腺素的释放会让身体更容易感觉到疼痛。神经受刺激表现： 神经受到炎症介质刺激后，就会传递疼痛信号到大脑，让人体感觉到全身酸痛，这种酸痛可能是弥漫性的，涉及多个部位。
身体代谢变化影响
能量消耗与电解质失衡： 发烧时身体的代谢率比平时高出很多，能量消耗增加，同时身体出汗等情况还可能导致电解质失衡，比如钾、钠等电解质的流失。这会影响肌肉的正常生理功能，进而引发酸痛。像电解质中的钾离子对维持肌肉的兴奋性等很重要，流失后肌肉就容易出现不适。代谢变化对肌肉的作用： 代谢的异常变化会使肌肉的收缩和舒张功能受到影响，使得肌肉处于一种相对紧张或者功能紊乱的状态，从而表现为全身酸痛。
身体修复过程中的反应
免疫系统工作影响： 发烧是身体免疫系统在对抗病原体的过程，免疫系统在工作时会调动大量的免疫细胞等，这个过程中身体的生理状态会发生改变，也可能间接导致肌肉出现酸痛。例如，免疫细胞在战斗过程中会释放一些物质，可能会影响到肌肉组织。修复阶段的身体调整： 在发烧好转后，身体进入修复阶段，这个时候身体还在进行一系列的调整，也可能会让人体感觉到全身还有酸痛感，不过一般会随着身体的逐步恢复而减轻。