发烧过后全身酸痛主要是因为发烧时身体代谢加快，产生了较多乳酸等代谢产物，同时炎症反应也会刺激神经，导致全身酸痛。一般来说，这种全身酸痛会在退烧后1~2天逐渐缓解，但也有少数人可能会持续3~5天。
身体代谢产物堆积导致
乳酸堆积： 人体发烧时，细胞代谢加速，无氧呼吸增强，会产生大量乳酸。乳酸在肌肉组织中堆积，就会刺激神经末梢，引起酸痛感。比如剧烈运动后也会乳酸堆积，但发烧时这种堆积更明显。钾离子失衡： 发烧时身体的代谢紊乱，会影响细胞内外钾离子的平衡。钾离子对肌肉的正常收缩和舒张很重要，失衡后就容易导致肌肉酸痛。
炎症反应的影响
前列腺素作用： 发烧往往是身体受到感染等刺激后引发炎症反应，身体会合成前列腺素。前列腺素能增强痛觉神经的敏感性，让人们感觉全身更酸痛。就像受伤后炎症部位会更痛一样，发烧时炎症相关的前列腺素也会让全身酸痛加剧。免疫细胞活动： 发烧时免疫细胞活跃，它们在与病原体战斗过程中会释放一些物质，这些物质也会参与到疼痛的感觉传导中，使得全身酸痛的感觉更明显。
肌肉紧张因素
体温升高影响： 发烧时体温升高，肌肉的紧张度会发生变化。肌肉长时间处于不正常的体温环境下，会出现痉挛或紧张状态，进而引起酸痛。例如发烧时身体为了应对高温，肌肉可能会不自主地调整状态，导致酸痛。活动减少影响： 发烧时人往往身体不适，活动量减少，肌肉长时间不活动也会变得僵硬，再加上之前代谢产物堆积等因素，就会加重全身酸痛的感觉。比如长期卧床的病人，身体活动少也容易肌肉酸痛，发烧时这种情况会更突出。