一般来说，在排除怀孕前患有腰部疾病的情况后，若怀孕三个月时腰疼得厉害，可能与以下几方面有关，需完善B超等检查以明确，并及时进行治疗。
一、身体缺钙：
1.在怀孕期间，胎儿的生长发育需要钙元素等营养作为养分，而母体如果没能及时充足地补充，就容易出现腰疼剧烈等缺钙表现，同时可能还伴有抽筋等症状。
2.针对这种情况，通常可以在医生指导下补充钙剂，这样能够缓解疼痛、抽筋等不适状况。
二、腰肌劳损：
1.随着胎儿的生长，孕妇腰部会承受较大压力，同时为了更好地孕育和分娩胎儿，胎盘会分泌松弛素，促使关节韧带松弛，进而出现腰部疼痛的现象。
2.此外，长时间久坐、久站等也容易增大腰部压力，加重疼痛症状。对此，一般可以通过避免久坐、久站，适当进行散步来改善，也可以通过按摩、热敷腰部，促进血液循环，从而达到缓解疼痛的效果。
三、流产：
1.胚胎染色体异常、母体受到病毒感染等因素，可能会导致自然流产，此时也会有腰疼得厉害的表现，同时还伴有阴道流血等症状，可通过B超等检查来确诊。
2.确诊后，需根据胚胎情况进行治疗，如果胚胎发育良好，可以继续妊娠，同时要注意休息，以避免类似情况再次发生。如果胚胎发育不良，则需在医生建议下终止妊娠。
总之，怀孕三个月腰疼厉害可能有多种原因，应及时明确并采取相应措施进行处理。