肠系膜淋巴结炎多由病毒、细菌感染等引起。比如病毒感染中，像柯萨奇B组病毒等常见病毒感染是引发肠系膜淋巴结炎的重要原因，儿童相对更容易因病毒感染而患上该病。
病毒感染因素
肠道病毒感染： 肠道病毒如埃可病毒等感染人体后，可通过血液循环到达肠系膜淋巴结，引起淋巴结的炎症反应。儿童由于免疫系统发育尚不完善，对肠道病毒的抵御能力相对较弱，所以在肠道病毒流行季节，儿童患肠系膜淋巴结炎的几率会有所增加。上呼吸道病毒感染蔓延： 当孩子发生上呼吸道病毒感染时，比如感冒，病毒可通过淋巴循环或血液循环波及肠系膜淋巴结，导致淋巴结出现炎症。例如，有研究发现约30%因上呼吸道感染引发肠系膜淋巴结炎的儿童，其肠系膜淋巴结中能检测到与上呼吸道感染相关的病毒。
细菌感染因素
链球菌感染： A组乙型溶血性链球菌感染是导致肠系膜淋巴结炎的细菌感染原因之一。当人体感染该细菌后，细菌产生的毒素等物质可刺激肠系膜淋巴结，引发炎症。比如在一些链球菌性咽炎患者中，有部分可能会继发肠系膜淋巴结炎。其他细菌感染： 像葡萄球菌等细菌感染也可能累及肠系膜淋巴结。当身体其他部位有细菌感染，细菌随血液流到肠系膜淋巴结时，就可能引起淋巴结的炎症反应。不过相对来说，细菌感染引发肠系膜淋巴结炎的比例较病毒感染要低一些。
饮食生活因素
不良饮食习惯： 长期饮食不规律，比如经常暴饮暴食，或者过多食用辛辣、油腻、刺激性食物，会影响胃肠道的正常功能，导致胃肠道抵抗力下降，从而增加肠系膜淋巴结炎的发病风险。例如，有些孩子平时爱吃油炸食品、辣条等，就可能更容易出现肠系膜淋巴结相关的炎症问题。生活环境因素： 生活环境中卫生条件较差，容易接触到各种病原体。比如在卫生状况不佳的环境中生活，孩子感染病毒、细菌的几率会升高，进而增加患肠系膜淋巴结炎的可能性。另外，寒冷刺激也可能影响胃肠道的血液循环，使肠系膜淋巴结的抵抗力降低，容易引发炎症。