纳氏囊肿通常是宫颈的生理性变化，一般无症状时不需要特殊治疗。如果伴有炎症等情况，可根据具体情况处理。
无需治疗的情况
多数无需干预： 很多纳氏囊肿是宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻形成的。这种情况没有症状时，不需要进行特殊治疗，定期做好宫颈筛查就行，比如每年做一次TCT（液基薄层细胞学检测）和HPV（人乳头瘤病毒）检查。
炎症相关的治疗方式
药物治疗针对炎症： 如果纳氏囊肿是因为宫颈局部炎症引起的，比如有白带增多、发黄等症状，可能需要针对炎症用药。一般会根据感染的病原体来选择药物，要是是细菌感染，可能会用到一些抗生素类药物，但具体用药得遵医嘱。物理治疗方法：激光治疗： 利用激光的热能破坏囊肿部位的组织，促使其修复。治疗后要注意保持外阴清洁，短时间内避免性生活和盆浴，防止感染。一般治疗后1 - 2周会有脱痂出血情况，不用太紧张，但如果出血多要及时就医。冷冻治疗： 通过低温使囊肿组织坏死脱落。治疗后局部可能会有渗出、结痂等情况，也要注意保持局部清洁干燥，避免感染，恢复时间一般需要几周。
手术治疗情况
极少需手术： 只有当纳氏囊肿很大，或者怀疑有其他病变时才会考虑手术。比如用穿刺引流的方法，把囊肿内的液体抽出，但这种情况比较少见。手术时要严格遵循无菌操作等原则，术后也要注意护理，防止出现感染等并发症。