宫颈纳氏囊肿大多是宫颈的生理性变化，一般不需要特殊治疗。但如果伴有炎症等情况可能需要相应处理。
生理性纳氏囊肿无需治疗
宫颈纳氏囊肿形成原因主要是宫颈腺管口狭窄或阻塞，导致腺体分泌物引流受阻、潴留形成囊肿。大部分宫颈纳氏囊肿属于生理性改变，没有明显症状，也不会对身体造成不良影响，通常不需要进行治疗，定期做好妇科检查，观察囊肿变化情况即可，一般1 - 2年做一次妇科超声等检查了解宫颈情况。
伴有炎症时的治疗方法
药物治疗针对炎症
如果宫颈纳氏囊肿伴有宫颈炎症，出现白带增多、异味等症状，可能需要使用药物治疗炎症。比如存在细菌感染引起的宫颈炎，可能会用到抗生素类药物，像头孢类抗生素等，但具体用药需由医生根据炎症类型来选择，不能自行随意用药。
物理治疗改善症状
- 激光治疗：利用激光的热能作用，使囊肿部位组织碳化、结痂，然后脱落，新生组织生长修复。治疗时一般不会有太剧烈的疼痛，术后要注意保持外阴清洁，避免感染，大约1 - 2周创面会愈合。
- 冷冻治疗：通过液氮的低温作用，使囊肿组织坏死、脱落。冷冻治疗后局部可能会有轻度水肿，一般在1 - 2周内会逐渐消退，要注意术后避免性生活和盆浴一段时间，防止感染。
手术治疗情况较少
当宫颈纳氏囊肿很大，或者怀疑有其他病变时，可能会考虑手术治疗。比如采用穿刺引流术，用穿刺针将囊肿内的液体抽出，然后进行相应处理。但这种情况相对比较少见，一般是在其他治疗方法效果不佳或者有特殊情况时才会考虑手术。