肠化生通常没有明显特异性症状，部分患者可能会有上腹部隐痛、胀满、嗳气、食欲不振等消化不良表现。不过也有相当一部分肠化生患者没有任何自觉症状。
消化系统相关症状表现
上腹部不适： 部分肠化生患者会出现上腹部隐痛，疼痛程度一般较轻，没有明显的规律性，可能持续几分钟到数小时不等。还有些人会感觉上腹部胀满，尤其是在进食后，这种胀满感会更明显，好像肚子里有气体积聚，难以排出。消化功能异常： 嗳气比较常见，就是俗称的“打嗝”，患者会不自觉地频繁嗳气，让自己感觉舒服一些。食欲不振也是常见情况，对食物的欲望降低，不想吃东西，即使面对喜欢的食物也提不起兴趣。
与其他疾病混淆的表现
易被胃炎症状掩盖： 肠化生常常与慢性萎缩性胃炎相伴而行，所以它的症状很容易和慢性萎缩性胃炎的症状混淆。比如慢性萎缩性胃炎也会有上腹部隐痛、胀满、嗳气、食欲不振等表现，这就需要通过胃镜检查结合病理活检来准确区分肠化生和单纯的胃炎。与胃溃疡症状部分相似： 胃溃疡患者也可能有上腹部疼痛，不过胃溃疡的疼痛有一定规律性，多在进食后不久出现，然后缓解，和肠化生无规律的隐痛不同，但仅从症状上很难精准鉴别，还是要依靠胃镜及病理检查。
无症状情况及应对
多数人无明显症状： 有相当一部分肠化生患者并没有明显的自觉症状，是在体检做胃镜检查并进行病理活检时偶然发现的。这就提醒人们，尤其是有胃部不适家族史、长期有胃部症状或者年龄在40岁以上的人群，应定期进行胃镜检查，以便早期发现肠化生等胃部病变。无症状也需重视： 即使没有症状，发现肠化生后也不能掉以轻心，要听从医生建议，调整生活方式，比如保持规律的作息，避免熬夜；注意饮食均衡，少吃辛辣、油腻、刺激性食物，戒烟限酒等，并且要按照医生要求定期复查胃镜，观察肠化生的变化情况。