肛瘘主要症状有肛周反复流脓，据统计，约70% - 80%的肛瘘患者会出现这种情况，脓液量时多时少，新生成的肛瘘流脓较多，脓液通常呈脓性、血性等。
肛周肿痛情况
急性发作时肿痛明显：当肛瘘内口感染，炎症扩散时，会出现肛周剧烈肿痛，疼痛程度因人而异，有的患者会感觉坐立不安。一般在脓液排出后，肿痛会有所缓解，但容易反复发作。慢性期肿痛相对较轻：慢性肛瘘患者肛周肿痛症状相对不那么剧烈，可能仅表现为局部的隐痛、坠胀感。
瘙痒表现
分泌物刺激导致瘙痒：肛瘘会不断有脓性、血性分泌物排出，这些分泌物刺激肛周皮肤，会引起肛周瘙痒，患者会不自觉地搔抓肛周皮肤，长期搔抓可能导致皮肤破损、增厚等。部分患者瘙痒症状较为顽固，严重影响生活质量。
全身症状情况
感染严重时出现发热：如果肛瘘发生急性感染，炎症扩散，患者可能出现发热症状，体温可达到38℃ - 39℃左右，同时可能伴有乏力、食欲减退等全身不适症状。当感染得到控制后，发热等全身症状会逐渐消退。长期肛瘘可能导致消瘦：一些病程较长的肛瘘患者，由于长期慢性炎症刺激，身体消耗增加，可能会出现消瘦、贫血等情况，尤其是身体抵抗力较差的患者更容易出现这种情况。