肛瘘主要症状包括流脓，一般来说，肛瘘患者常有间断性或持续性流脓情况，脓液量多少不一，新形成的肛瘘流脓较多，脓液黏稠且有臭味，颜色呈黄色；还有肿痛，当瘘管通畅时，一般疼痛不明显，若引流不畅，会导致局部肿胀疼痛，尤其在排便时，因肛门括约肌收缩，疼痛可能会加重，有时可伴有发热，体温可在38℃左右波动；另外还有瘙痒，由于脓液不断刺激肛周皮肤，患者会感觉肛周瘙痒不适，皮肤可出现潮湿、变色、增厚等改变。
流脓表现
脓液特征：初期脓液较多，随着时间推移可能会减少，若肛瘘处于急性感染期，脓液会变得浓稠且有明显臭味。流脓频率：有的患者是间断性流脓，间隔一段时间会有脓液流出；而有的患者则是持续性少量流脓。
肿痛情况
疼痛程度：轻度肛瘘肿痛不明显，重度肛瘘肿痛较为剧烈，可影响患者坐立行走。疼痛时间：排便时由于粪便通过肛门刺激瘘管，疼痛会加重，这种疼痛可能会持续数小时不等。
瘙痒细节
皮肤变化：肛周皮肤因长期受脓液刺激，会出现瘙痒难耐，搔抓后皮肤可能会破损、结痂，长期可导致皮肤色素沉着、增厚等。瘙痒时段：一般在白天活动时瘙痒相对轻些，夜间休息时，由于注意力相对集中，瘙痒感可能会更明显。