白塞病的病因目前尚未完全明确，可能与遗传、感染等因素有关。有研究表明，白塞病具有一定的遗传易感性，某些基因的突变可能增加发病风险。
遗传因素相关
基因关联：人类白细胞抗原（HLA）-B51与白塞病的发病密切相关，在白塞病患者中，HLA-B51阳性率明显高于正常人群，大约有50% - 70%的白塞病患者携带HLA-B51基因。家族聚集性：白塞病存在家族聚集现象，如果家族中有白塞病患者，其他家庭成员患白塞病的风险会比普通人群高一些，但具体的遗传模式还不完全清楚，不是有家族史就一定会发病，只是相对风险增加。
感染因素相关
细菌感染：有研究认为，链球菌、结核杆菌等细菌感染可能与白塞病的发病有关。比如，部分白塞病患者在发病前有过链球菌感染史，像扁桃体炎等链球菌感染性疾病可能会触发机体的免疫反应，进而导致白塞病的发生。病毒感染：单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等病毒感染也被怀疑与白塞病的发病相关。病毒感染后可能会改变人体的免疫状态，使得免疫系统出现紊乱，从而引发白塞病相关的炎症反应。
免疫因素相关
免疫系统异常激活：白塞病患者的免疫系统会出现异常激活的情况。体内的T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞功能失调，导致炎症因子大量释放，比如肿瘤坏死因子 - α、白细胞介素 - 2等炎症因子增多，这些炎症因子会引起血管的炎症反应，进而出现白塞病的一系列症状，如口腔溃疡、生殖器溃疡、眼部炎症等表现。自身抗体产生：部分白塞病患者体内会产生自身抗体，这些自身抗体可能会攻击自身的组织和器官，参与白塞病的病理过程，导致血管等组织受到损伤，出现相应的临床症状。