紧急避孕药可能会带来一些副作用。一般来说，服用紧急避孕药后，约有10%左右的人可能会出现恶心、呕吐等胃肠道反应，这种情况通常在服药后24小时内较为明显。
月经紊乱方面的副作用
月经提前或推迟： 紧急避孕药会影响女性的内分泌系统，导致月经周期发生变化。有的女性服药后月经会提前，比如原本28天的周期可能提前3 - 7天；而有的则会推迟，推迟时间可能在1 - 2周左右。月经量变化： 还可能出现月经量增多或减少的情况，部分女性服药后月经量比平时明显增多，甚至可能像经期延长的表现；也有一些人月经量会减少，变得比平常稀少。
类早孕反应
头晕乏力： 类似怀孕早期的反应，部分女性服用紧急避孕药后会感到头晕、乏力，这种情况一般会持续1 - 2天。嗜睡： 有些女性会出现嗜睡的症状，精神状态不如平常，影响日常的工作和生活，不过通常程度不会很严重，多数人在1 - 3天内可自行缓解。
其他可能的副作用
乳房胀痛： 少数女性服药后会出现乳房胀痛的情况，触摸乳房时能感觉到有轻微的胀痛感，一般持续时间不长，大概1 - 3天左右会逐渐减轻。不规则阴道出血： 服药后可能会出现不规则的阴道出血，出血量一般较少，类似于点滴状出血，但也有少数人出血量稍多一些，但通常不会超过月经量。不过如果出血时间较长或出血量较多，就需要及时就医检查。