如果肠道有炎症，常用的药物有抗生素类、抗炎类等。一般来说，针对细菌感染引起的肠道炎症，常用诺氟沙星等喹诺酮类抗生素，但18岁以下人群禁用该类药物。
抗生素类药物
诺氟沙星： 属于喹诺酮类抗生素，可用于敏感菌引起的肠道感染，但18岁以下人群由于可能影响软骨发育，禁止使用。头孢菌素类： 如头孢克肟等，对于一些轻中度肠道细菌感染有较好疗效，不过对头孢过敏者禁用。
抗炎类药物
美沙拉嗪： 常用于炎症性肠病引起的肠道炎症，它可以抑制肠道炎症反应，对缓解肠道的充血、水肿等炎症表现有一定作用。柳氮磺吡啶： 也可用于治疗溃疡性结肠炎等肠道炎症性疾病，服用时可能会出现恶心、呕吐等不良反应，对磺胺类药物过敏者禁用。
微生态调节剂
双歧杆菌四联活菌片： 可以调节肠道菌群，当肠道有炎症时，肠道菌群可能失调，服用该药物有助于恢复肠道菌群的平衡，从而辅助缓解肠道炎症，不过应避免与抗菌药物同时服用。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 同样能调节肠道菌群，改善肠道微生态环境，对肠道炎症有一定的辅助治疗作用，服用时用温水送服，避免高温。